Yayasan Jasa Aviasi Indonesia (YAJASI) berdiri tanggal 03 April 1993 dengan nama Yayasan JAARS Indonesia dengan pendiri: Agus Maniagasi, Oyang Amos Seseray, Hendrik Andreas Sarioa, Darsono Wijatmiko, dan Yan Mapaliey.

Namun oleh pendiri beberapa bulan berikutnya tepatnya 10 Agustus 1993 terjadi perubahan nama dari Yayasan JAARS Indonesia menjadi Yayasan Jasa Aviasi Indonesia (YAJASI) dengan akte perubahan nomor: 28.

Dengan tujuan melanjutkan visi dan misi Penerbangan dalam memberikan pelayanan penerbangan bagi masyarakat yang belum terjangkau dengan pelayanan tranportasi dan menjadi mitra pemerintah dalam pembangunan manusia seutuhnya di Indonesia, YAJASI melayani kebutuhan penerbangan di wilayah Maluku dan Papua.

Pelayanan di wilayah Maluku hanya berlangsung sampai tahun 1997 karena adanya kerusuhan di Maluku maka pelayanan penerbangan di tutup dan dipindahkan ke Sentani-Papua.

Sampai saat ini dibawah izin Kegiatan Udara Bukan Niaga dari Direktorat Jendral Perhubungan Udara No. SIKAU/BN-017 yang dikeluarkan di Jakarta untuk perpanjangan ketiga pada tanggal 16 Agustus 2012 dan berlaku tanpa batas waktu, YAJASI sudah mengoperasikan 10 (sepuluh) buah pesawat masing-masing : 2 (dua) buah pesawat Piper Aztec dengan registrasi PK-UCC dan PK-UPD ( on the ground ), 4 (empat) buah pesawat Helio Courier dengan registrasi ( PK-UCA, PK-UCB,PK-UCD, dan PK-JAA --- on the ground ) , 5 (lima) buah Pesawat Pilatus Porter dengan registrasi PK-UCE ( Acccident 22 Sept 2011 ), PK-UCF,PK-UCI,PK-UCJ dan PK-UCL serta sebuah pesawat PC 12 dengan registrasi PK-UCG.